运用Graphpad prism绘制柱状图和统计学分析
成功案例
2023-04-26
浏览量:601



软件:Graphpad prism 9

数据:以qpcrR2-△△Ct值为例(3组,每组10个生物学重复样本)

C

T

M

1.00

0.45

0.89

0.80

0.56

0.83

0.87

0.49

0.66

1.01

0.64

0.80

0.71

0.51

0.87

0.92

0.42

0.78

0.78

0.30

0.67

1.13

0.54

0.71

1.07

0.62

0.78

1.10

0.65

0.66

 

 

方法:

  1. 打开Graphpad prism 9选择Column

    图片3.jpg


2. 复制qpcrR2-△△Ct数据,粘贴到Data Tables

图片4.jpg



3. 找到Graphs(图),点击以上数据对应的名称,就会出现图形了

图片5.png



4. 选择图形,图形有Individual valuesBox and violinMean/median & error,可以选择自己喜欢的图形,这里选择Individual values中的第二个,如下图;plot选择“mean with SEM”(均数加减标准误),SEM为标准误,与SD关系为SEM=SD/Sqrt(n),因此SEM会远小于SD,作图会更好看些

图片6.jpg 图片7.png


5. 接下来是调整图形的颜值:

1)调整命名,可选择删除Data1Xtitle标题,点击Y轴重新命名

2)通过change版块调整

图片8.png


图片24.png更换图表类型;


图片25.png选择colors,默认选择蓝色和、红色和绿色


图片26.png调整图形的大小


图片27.png改变X轴和Y轴的信息

1686899645832212.png  图片10.png



图片28.png改变柱子的外观

1686899701100372.png



根据以上方法,按照自己喜欢的风格,自己多摸索,就可以得到做出自己喜欢的图形,我们得到的图形如下:

图片12.png



6. 接下来就是进行统计学分析了,首先我们先看一下统计学分析思路:

图片13.png



备注:Kraskal wall’s检验为非参数检验。


7. 需要确定是否符合正态分布:点击Analysis,选择Column analyses——选择Normality and Lognormality Tests,即正态性检验

 图片14.png 1686899846169898.png





8. 看正态分布检测结果,一般认为,P>0.05时,数据符合正态分布。这里有几个检测,都满足了正态分布,可以考虑用参数检验中的One-way ANOVA检验(如果不满足,则选择非参数检验)

备注:结果列表中,当几种检验不一致时,小样本以shaprio-wilk test为准,大样本以kolmogorov-smimov test为准。

图片16.png



9. 点击对应的Data,点击Analysis,选择Column analyses——选择One-way ANOVA(and nonparametric or mixed) 即单因素方差分析或非参数检验

图片17.png图片18.png图片19.png



10. 查看结果,P>0.05,故满足方差齐性。(注意,如果不符合方差齐性,需要重新进行One-way ANOVA(and nonparametric or mixed即非参数检验)equal SDs选择Brown Forsythe and welch ANOVA test矫正,再重复一次分析)

图片20.png



11. 显著性分析结果

图片21.png



12. 显著性分析结果作图,prism 9以上的版本,可选择自动增加显著性分析作图Draw-Automatically add painwise comparisons

图片22.png

13. 保存。建议保存矢量图格式,如PDF,也方便后续在AI上编辑。

图片23.png



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