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基因敲除单克隆细胞株构建
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● 技术原理

       CRISPR-Cas9系统的核心在于sgRNA引导Cas9蛋白对特定基因序列进行精准识别和切割。CRISPR-Cas9基因敲除系统通过Cas9内切酶切割双链DNA后,生物体主要启动NHEJ修复途径(非同源末端连接)。NHEJ修复机制是一种错误倾向的修复方式。在DNA发生双链断裂时,该修复途径被激活,在DNA断裂处随机插入或缺失几个碱基,然后将切割末端连接起来。这一过程极容易导致切割位点发生移码突变,从而破坏基因的开放阅读框,导致无意义介导的mRNA降解,最终实现基因沉默。对于编码基因的敲除,gRNA通常应靶向基因的N端区域,以确保最大程度地破坏基因功能。


● 实验流程

sgRNA设计与载体构建:针对目标基因序列设计特异性的sgRNA,通常针对每个基因设计3种以上sgRNA,并通过软件分析确保sgRNA没有预测的脱靶结合位点。然后将选择的sgRNA设计克隆到适当的载体中.

细胞转染:应用电转方法转染质粒。

细胞筛选:若使用带抗性标记的质粒,可在转染48小时后加药筛选。

单克隆分离与扩增:获得遗传背景一致的细胞群。将富集后的细胞通过有限稀释法接种到96孔板,确保每孔理论上有0.5-1个细胞,培养数周直至形成肉眼可见的单克隆。基因敲除验证:必须对单克隆进行多层级验证。

基因组DNA水平:提取单克隆基因组DNA,在靶点区域进行PCR扩增并测序,确认Indel序列及是否为纯合敲除。对于双sgRNA删除大片段的策略,需用跨删除区域的引物进行PCR,通过条带大小判断。

蛋白质水平:通过Western Blot检测目标蛋白是否完全缺失,这是功能敲除的直接证据



●技术优势

编辑效率高:CRISPR-Cas9系统通过优化的sgRNA设计和递送系统,能够实现高效的基因编辑。特别是在使用慢病毒载体的情况下,转染效率显著提高。

应用范围广:该技术适用于各种类型的细胞,包括哺乳动物细胞、植物细胞等,广泛应用于基因功能研究、疾病模型构建及药物开发等领域。在临床前研究中,CRISPR-Cas9已被用于遗传疾病校正、病毒复制抑制及多种癌症的个性化靶向治疗。

操作相对简便:与传统基因 targeting 技术相比,CRISPR-Cas9系统设计简单、成本较低、周期较短,使得更多实验室能够应用这一技术。



●应用领域

基础科学研究:在基因功能研究方面,基因敲除细胞株是探究基因功能最直接有效的工具之一。通过观察特定基因敲除后细胞的表型变化,可以推断该基因的生物学功能。

疾病模型构建:基因敲除细胞株为人类疾病研究提供了重要的体外模型。研究人员可以利用这些模型研究疾病发生机制,筛选潜在治疗药物。

生物技术创新:在生物技术领域,基因敲除细胞株已用于优化细胞工厂性能。例如,通过 glycoengineering 对CHO细胞进行基因敲除,可以改善重组蛋白的糖基化 profile,提高生物药物的质量和效能。

细胞治疗开发:在免疫治疗领域,CRISPR-Cas9技术被用于开发同种异体CAR-T细胞。通过敲除T细胞表面的HLA分子,减少移植物抗宿主病,同时保留HLA-C以保护来自NK细胞的排斥。




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