Flag标签蛋白为编码8个氨基酸的亲水性多肽(DYKDDDDK/Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys)，FLAG-Ta中连着的四个天冬氨酸让整个标签蛋白具有很好的亲水性，其通常不会与目的蛋白相互作用并且通常不会影响目的蛋白的功能、性质，这样就有利用研究人员对融合蛋白进行下游研究。FLAG和3FLAG本身有免疫原，都含有DDDDK，而这个通常是FLAG抗体的结合表位,，所以对于常用的FLAG抗体来说，这几种标签都可以识别。这样就方便通过Western Blot、ELISA等方法对含有FLAG的融合蛋白进行检测、鉴定。
通常情况下FLAG标签会构建到蛋白的N端或者C端，大多数情况下蛋白的N端或者C端是游离在蛋白表面的，所以在这种情况下FLAG和3xFLAG没有区别，抗体都可以结合。但是也有时候蛋白前端或末端会被折叠到蛋白内部，或者被其他结合蛋白所遮蔽，此时，更长的3FLAG标签更有利于抗体结合表位的暴露，从而被抗体识别。
Flag序列信息： |
蛋白序列：DYKDDDDK（Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys） DNA编码序列：GATTACAAGGACGACGATGACAAG 分子量：1012.95g/mol |
3Flag第一种形式： |
蛋白序列：NH2-DYKDDDDKGDYKDDDDKIDYKDDDDK-COOH（NH2-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Gly-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Ile-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-COOH） DNA编码序列：GATTACAAGGATGACGACGATAAGGGAGATTACAAGGATGACGACGATAAGATCGATTACAAGGATGACGACGATAAG 分子量：3173.09g/mol |
3Flag第二种形式: |
蛋白序列：DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK（Asp-Tyr-Lys-Asp-His-Asp-Gly-Asp-Tyr-Lys-Asp-His-Asp-Ile-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys） DNA编码序列：GACTACAAAGACCATGACGGTGATTATAAAGATCATGACATCGATTACAAGGATGACGATGACAAG 分子量：2730.79 g/mol |
3Flag第三种形式: |
蛋白序列：DYKDDDDKDYKDDDDKDYKDDDDK（Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys-Asp-Tyr-Lys-Asp-Asp-Asp-Asp-Lys） DNA编码序列：GATTACAAGGATGACGACGATAAGGACTATAAGGACGATGATGACAAGGACTACAAAGATGATGACGATAAA 分子量：3002.98 g/mol |
